Akademia Pana Kleksa to uwspółcześniona wersja klasycznej bajki Brzechwy, przemawiająca swoją treścią i formą do najmłodszych, ale i wchodząca w dialog ze starszymi widzami, którzy wciąż pamiętają kultową ekranizację z lat 80. Film przedstawia historię pozornie zwykłej dziewczynki – Ady Niezgódki – która trafia do tytułowej Akademii, żeby poznać świat bajek, wyobraźni i kreatywności. Przy pomocy wybitnego i szalonego pedagoga profesora Ambrożego Kleksa rozwija swoje niesamowite umiejętności, a także wpada na ślad, który pomoże jej rozwikłać największą rodzinną tajemnicę…